Йонишкис уникален тем, что только в этом городе сохранился комплекс из двух синагог, внутри которых можно увидеть первоначальный богатый декор.
Первая, упоминаемая в 1823 году летняя «Белая» синагога, не имеет внешних символов иудаизма. Она – единственная сохранившаяся в Литве, в архитектуре которой отчётливо просматривается сочетание позднего классицизма и романтизма.
В 1865 году рядом с ней была построена вторая каменная синагога (Красная) в неоготическом стиле. В декабре 2007 года находившаяся в аварийном состоянии «Красная» синагога обрушилась.
Обе Йонишские синагоги созданы как бы по принципу контраста и отражают архитектуру своего времени.
«Красная» синагога открыла свои двери для посетителей в конце сентября этого года. В зале с максимальным приближением к оригиналам восстановлены детали старого интерьера.
Восстановлено самое священное место в синагоге – украшенный звездой Давида (маген-давидом) Арон Кодеш, отреставрированы расписные своды, декорированные колонны, другие детали.
До наших дней в Литве сохранился единственный Йонишкский комплекс из двух синагог, основанный в восточной части центральной городской площади. Комплекс состоит из двух каменных параллельно стоящих зданий. Они строго ориентированы на Восток.