В 1946 г. нашлись люди, которые не одобрили тематику работ института Капицы, стиль его работы признавался порочным. Капица был вынужден оставить свой институт. С 1946 г. по 1953 г. директором института был академик А.П. Александров, известный своими работами в области ядерной физики и атомной энергетики. С 1946 по 1955 годы Капица был уволен из государственных советских учреждений из-за отказа сотрудничать с властями в работе над советским атомным проектом. Но ему было оставлена возможность до 1950 г. работать профессором в МГУ им. Ломоносова.