Города являются благоприятной средой для распространения инвазивных видов растений – они быстро размножаются, затмевают местные виды и нарушают экосистемы. В Вильнюсе наибольшую угрозу представляют борщевик Сосновского, гигантский и канадский золотарники, клён ясенелистный, люпин многолистный, мелколепестник однолетний. В лесах и на берегах водоёмов особенно распространена недотрога желёзконосная.